Mollete San Roque inició los procesos de certificación de calidad en 2002, y en 2004 consiguió la certificación según la norma UNE-EN-ISO 9001-2000, siendo el primer horno de molletes en acreditar la calidad.

Actualmente, siguiendo con el compromiso de trabajar con la calidad por principio, se ha evidenciado la necesidad de proteger la elaboración de molletes. En ese sentido, Mollete San Roque es socio de la Asociación Pro - Mollete de Antequera y está colaborando en la obtención de la certificación de la I.G.P (Identificación Geográfica Protegida) según norma UNE-EN-ISO 45011.